Сама по себе эта настройка не добавляет существенной функциональности командной строке, но помогает в тех случаях, когда под открытым окном находится текстовый документ или веб-страница с командой и пользователю необходимо её напечатать в консоли, не прибегая к перелистыванию открытых окон.
То есть, сделав консоль полу-прозрачной, пользователь будет видеть любой текст под ней и у него не возникнет необходимости переключаться между окнами.
В Windows 10 консоль командной строки был существенно обновлена и теперь включает в себя расширенный набор горячих клавиш, её размер может быть свободно изменяемым, поддерживает выделение текста с помощью мыши, как и любой текстовый редактор.
Кроме этого, сохранены настройки внешнего вида, такие как цвет, шрифт, расположение и т.д., а также официально добавлена возможность настройки прозрачности окна. Как сделать прозрачной консоль командной строки смотрите в данном видео.